2014-01-18

Mendeleyに放り込んだ論文を簡単にLaTeXで\citeする

研究

卒論提出一週間前なわけですが、今日も元気にLaTeXと戯れています。 LaTeX楽しいですね。

メイン作業環境のMacBook AirにOfficeを入れてないので以前はVAIOにテキストを転送してわざわざWordに起こしていたのですが、LaTeXに触れてからはしばらくWordには戻れそうもありません。

LaTeXの恩恵は手軽な数式挿入やレイアウト設定などがメジャーどころですが、個人的には引用文献まわりのシステムに心奪われました。そう、bibファイル読み込みからの\citeするだけでじゃんじゃん文献目録ができていくやつです。

2014-01-09

ハーレー浄水器を交換したら塩素が消滅した話

雑記

いくら美味しいと宣伝されてる東京の水道水 *1といえど、けっこうマズい。北海道から来た友人は「とても飲めたもんじゃないです」とバッサリいっていたので、やはり大雪山系の水には勝てない。あたりまえだ。

f:id:pioneerboy:20140109001257j:plain

我が家では20年来ハーレーの浄水器を愛用してるわけですが、相当の激務なので7年に一度本体を交換する必要があります。面白いことに交換部品と一緒に塩素検査のDPD試薬が添付されてきたので、交換する前と後、そして無濾過の水道水のそれぞれに添加してみました。

f:id:pioneerboy:20140109001322j:plain f:id:pioneerboy:20140109001343j:plain

左から無濾過、交換前、そして交換後の水にDPD試薬を加えたものです。

いやー無濾過はすごいですね。控えめに見積もっても0.4ppm（民間室内プールの平均）くらいの発色です。そりゃまずいわ。

交換前もうっすらピンク色ですが、交換後は完全無色です。本当は実験室の吸光度計でOD測りたいところですが、まあいいでしょう。

濾過器すごいね、というお話でした。

*1:さすがにペットボトルで買う気にはならんだろう…

2014-01-06

RPy2を使ってPythonからRを呼び出してデータ解析

プログラミング生物学研究

Pythonで書いたコードの中でRを呼び出す必要に迫られたので、備忘録を兼ねてやり方を記録しておきます。

この前から取り組んでいるPPiプロジェクトの一環で、タンパク質相互作用ネットワークを超幾何分析してスコアを記録しよう、みたいな話になった。

超幾何分析自体の話はbeyond the scopeすぎるので専門家に譲るとして、分析そのものはphyperというR言語の関数でちゃちゃっとできる。

phyper(q, m, n, k, lower.tail = FALSE, log.p = FALSE)

q：調べる蛋白質のモジュール内のリンク数

m：モジュール内のリンクの総数

n：モジュール外のリンクの総数

k：調べるタンパク質の全リンク数

マニュアル（英語）

それで、この前Pythonで生成したファイルにRを走らせるのが一番単純な手法かもしれないけど、面倒だしスマートじゃないので、やはりPythonコードのなかでRを動かしたいところ。

少し調べると、PythonとRの連携はRPy2というパッケージが人気の模様。ちゃんとPython 3.xでも動作するということで、試してみる。

まずは$ sudo pip install rpy2 みたいな感じでローカルにRPy2をインストール。

それからPythonコードで読み込みます。

from rpy2.robjects import r

Rの関数の引数としてPython側の変数を使いたいものの、どうもうまくいかない。調べてみると直接使わずにR側の新しい変数にポートして活用するらしい。

r.assign('RVariable', PyVariable)

という感じ。これを引数に使う変数全部に対して行って、いよいよ関数にぶちこみます。

r('関数名(引数1,引数2,...)')

実際のコードでは、まずnamelist1とwholelistからそれぞれモジュール内のリンクの総数moduleedgesとタンパク質相互採用ネットワーク全体のリンク数wholeedgesを計算し、wholeedgesからmoduleedgesを引くことでモジュール外のリンクの総数nonmoduleedgesを得ました。

それから、モジュール内のタンパク質の名簿であるpnamelistをループで回して、各タンパク質のモジュール内リンク数と総リンク数をそれぞれRにポートし、最後にそれをもとに超幾何分析を行ってdict型に収納、という手順を踏みました。

from rpy2.robjects import r
moduleedges = len(namelist1)
wholeedges = len(wholelist)
nonmoduleedges = wholeedges - moduleedges

from rpy2.robjects import r
#超幾何分析結果を収納するdictを用意
hypergeo = {}
#pythonの変数をRの変数にポート
r.assign('module', moduleedges)
r.assign('nonmodule', nonmoduleedges)

#モジュール内の各タンパクについて超幾何分析
for x in pnamelist:
    r.assign('intralink', intralink[x])
    r.assign('wholelink', wholelink[x])
    p = r('phyper(intralink, module, nonmodule, wholelink, lower.tail = FALSE, log.p = FALSE)')
#dictに分析結果を収納
    hypergeo[x] = p[0]