この記事は 今年読んだ一番好きな論文2016のエントリーとして書かれました。 こんにちは。なんと昨年の #今年読んだ一番好きな論文2015 ぶりのブログ更新になってしまいました。その間に修士号取得したり学振取って辞退したりアメリカの博士課程に留学開始し…

この記事は今年読んだ一番好きな論文Advent Calendar の一部として書かれました。 更新が停滞しがちな一年でしたが、論文は読んでいたのでこれなら記事かける！ウェイ！と思ってAdvent Calendar登録ページを見に行ったら初日しか空いてませんでした。トップ…

全く開発環境を整備したことがないマシンで、最終的にはGollum Wikiを設立し、自動git pushすることでGitHubへのバックアップもできる、という環境を構築します。Mac OS Mavericksを想定しています。 おしながき iTerm2 導入 Sublime Text導入 Xcode導入 Hom…

御多分にもれず、書いたコードを管理するためにGitHubを使っています。 簡単にいろいろ保存できるし、ウェブサイトさえもホストできるのでとても便利なのですが、無料ユーザーの場合はすべてのレポジトリが公開指定というのが注意を要するところです。 例え…

卒論提出一週間前なわけですが、今日も元気にLaTeXと戯れています。 LaTeX楽しいですね。 メイン作業環境のMacBook AirにOfficeを入れてないので以前はVAIOにテキストを転送してわざわざWordに起こしていたのですが、LaTeXに触れてからはしばらくWordには戻…

Pythonで書いたコードの中でRを呼び出す必要に迫られたので、備忘録を兼ねてやり方を記録しておきます。 この前から取り組んでいるPPiプロジェクトの一環で、タンパク質相互作用ネットワークを超幾何分析してスコアを記録しよう、みたいな話になった。 超幾…

金曜日頃からやや風邪気味だったので週末は自宅でひっそり過ごし、今日研究所バイトのために外出したら冬の到来を体感しました。寒い…。 冬生まれの自負と、汗っかきゆえの蒸し暑さ耐性の低さのために、いつも夏と冬だったら冬のほうが過ごしやすいと答える…

しばらく前に、大規模コホート研究のデータを使って、誕生月と健康状態の相関を調べ、それをもとにめっちゃあたる星座占いをつくったら面白いんじゃないのと思ったわけだけど、肝心のデータがそんなに簡単に入手できそうもない。 コホート研究の論文ってだい…

今日は最後の大学院応募を終え、ようやく12月に突入した気分である。 月曜日なので研究所バイトに行って、ずっと手を付けていなかったタンパク質相互作用ネットワークプロジェクトの仕事を再開。 タブ区切りtxtの相互作用データを、とりあえずPythonで処理し…

今日は学会二日目にして最終日、そして僕の口頭発表とポスターセッションの日でした。 この学会は毎年僕の所属研究室の卒論生がポスター発表していて、学部生にして学会発表の機会があるということで結構他大学の知人からは羨ましがられたりしました。僕も例…

昨日岡山入りして、倉敷を見物してからの今日から二日間学会であります。 ちなみに岡山も倉敷も極寒でびっくりしました。風が東京の2月頃の寒さ！ 倉敷って駅前は普通の街なんですね、美観地区行って大変癒やされました。 なにげに人生初めての学会参加なの…

しばらく前からちょくちょく自慢しているiPad Airのお陰で、ノマドジャーナルリーディング生活*1がこれまでになく充実しまくっている。 やっぱりA4縦向きレイアウトの書類を横長のパソコン画面で読むのはつらいので、論文を日常的に読む必要があるひとは、こ…

Nature Publishing Groupによる新オンライン・オープンアクセスジャーナル、"Scientific Data"は、生命科学が抱えるビッグデータ問題を解決する起爆剤となるかもしれない。

前日まで忘れていたけど、今日はゼミの発表だった。 プログレスでも論文紹介でもいいのだけど、全然実験がプログレスしていないのでここ数回は論文読んで紹介してる。 マテメソまでしっかり発表する人もいるけど、僕は聴いてる方もしんどいと思うので背景と…

月曜日は都内の某研究所でアルバイトであります。 大学1年の冬に、北野宏明著「したたかな生命」を読んで、システムバイオロジーの面白そうな気配に惹きつけられつつも、文系高校生出身の理系大学生1年目だったこともあって、その興味を特に行動に移すことは…