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大学院応募完了と研究所バイト

今日は最後の大学院応募を終え、ようやく12月に突入した気分である。
月曜日なので研究所バイトに行って、ずっと手を付けていなかったタンパク質相互作用ネットワークプロジェクトの仕事を再開。
タブ区切りtxtの相互作用データを、とりあえずPythonで処理して項目リストを作成した。たぶんある程度経験がある人なら30分以内で終わることだと思うけど、初心者なのでのんびり半日かけて何とか完成させた。

Pythonを書くにあたって、最初はiTermでVimを開いてやろうかと思ったけど、まず初心者過ぎてコード間違えまくるので非生産的すぎるということが判明したので、IPython Notebookを使ってちょっと書いては実行して、とちまちま進めることにしたら一番ストレスがなかった。AnacondaをインストールしてもなぜかiTermからIPythonコマンドが実行できなかったので、ダウンロードしたAnacondaパッケージファイルの中にあったA Launcherを開いてIPython Notebookを実行。PATH通ってる気はするんだけど、よくわからん。

今日やった作業内容は、タンパク質の名前がいっぱい登場するファイルを読み込んで、/tを認識してそこで分割して、タンパク名リストに重複を許さずに追加していく、という感じ。
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とりあえず進んで満足。

夜は研究所の忘年会で、理研のチームの人々と仲良くなって楽しい会だった。
印象的な発言を列記すると

I'm not convinced in stochasticity yet. It may well be the case that we're not experienced enough to grasp the underlying principles!

生命現象のランダムさはエネルギーをほぼ必要としない熱ゆらぎから来ているけど、コンピューターはわざわざエネルギーを消費して乱数発生させて、さらに微分方程式をごちゃごちゃ解いてシミュレーションしようとしている。この方向性ではもちろんペイしない。

If you're not afraid of your challenge, your challenge is not big enough.

元気をもらったので明日からまた卒論頑張ります。

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