2013-12-02

大学院応募完了と研究所バイト

今日は最後の大学院応募を終え、ようやく12月に突入した気分である。
月曜日なので研究所バイトに行って、ずっと手を付けていなかったタンパク質相互作用ネットワークプロジェクトの仕事を再開。
タブ区切りtxtの相互作用データを、とりあえずPythonで処理して項目リストを作成した。たぶんある程度経験がある人なら30分以内で終わることだと思うけど、初心者なのでのんびり半日かけて何とか完成させた。

Pythonを書くにあたって、最初はiTermでVimを開いてやろうかと思ったけど、まず初心者過ぎてコード間違えまくるので非生産的すぎるということが判明したので、IPython Notebookを使ってちょっと書いては実行して、とちまちま進めることにしたら一番ストレスがなかった。AnacondaをインストールしてもなぜかiTermからIPythonコマンドが実行できなかったので、ダウンロードしたAnacondaパッケージファイルの中にあったA Launcherを開いてIPython Notebookを実行。PATH通ってる気はするんだけど、よくわからん。

今日やった作業内容は、タンパク質の名前がいっぱい登場するファイルを読み込んで、/tを認識してそこで分割して、タンパク名リストに重複を許さずに追加していく、という感じ。
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とりあえず進んで満足。

夜は研究所の忘年会で、理研のチームの人々と仲良くなって楽しい会だった。
印象的な発言を列記すると

I'm not convinced in stochasticity yet. It may well be the case that we're not experienced enough to grasp the underlying principles!

生命現象のランダムさはエネルギーをほぼ必要としない熱ゆらぎから来ているけど、コンピューターはわざわざエネルギーを消費して乱数発生させて、さらに微分方程式をごちゃごちゃ解いてシミュレーションしようとしている。この方向性ではもちろんペイしない。

If you're not afraid of your challenge, your challenge is not big enough.

元気をもらったので明日からまた卒論頑張ります。

2013-11-30

学会二日目でした

生物学研究

今日は学会二日目にして最終日、そして僕の口頭発表とポスターセッションの日でした。
この学会は毎年僕の所属研究室の卒論生がポスター発表していて、学部生にして学会発表の機会があるということで結構他大学の知人からは羨ましがられたりしました。

僕も例に漏れずポスター発表用の要項を夏の終わりに登録したところ、運良く口頭発表に選ばれて学部生にしてしゃべることになったのでした。

口頭発表自体は「夏の学校」で一回やってるので感じは掴んでいたし、そもそもあんまり実験が進まなかったので発表内容も夏の学校のときとほぼ一緒で緊張せずにすみ、ペラペラ喋ってきました。

学会って普段やってる自分の研究を発表する場でもあるんだけど、旧交を温めたり意外な人が意外な研究を始めてて突撃しに行ったりする、広い意味でのコミュニケーションの場なんだなあと思いました。コミュ力はここでも物を言いますね。
PDと院生の知り合いができたので、たぶん僕はこの分野からは一旦離れるけど、これから末永くお付き合いしたいところです。

帰宅して、締め切りが現地時間の12月1日に迫った米国大学院書類の最終提出を終えました。厳密には12/4締め切りの某州立大のみ、明日やることにしましたが。
うまくいくといいな。

2013-11-29

学会一日目

生物学研究

昨日岡山入りして、倉敷を見物してからの今日から二日間学会であります。
ちなみに岡山も倉敷も極寒でびっくりしました。風が東京の2月頃の寒さ！
倉敷って駅前は普通の街なんですね、美観地区行って大変癒やされました。
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