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生物学

電気ビリビリごはんもぐもぐ

この記事は今年読んだ一番好きな論文Advent Calendar の一部として書かれました。 更新が停滞しがちな一年でしたが、論文は読んでいたのでこれなら記事かける!ウェイ!と思ってAdvent Calendar登録ページを見に行ったら初日しか空いてませんでした。トップ…

RPy2を使ってPythonからRを呼び出してデータ解析

Pythonで書いたコードの中でRを呼び出す必要に迫られたので、備忘録を兼ねてやり方を記録しておきます。 この前から取り組んでいるPPiプロジェクトの一環で、タンパク質相互作用ネットワークを超幾何分析してスコアを記録しよう、みたいな話になった。 超幾…

Pythonでタンパク質相互作用ネットワークを分析する

金曜日頃からやや風邪気味だったので週末は自宅でひっそり過ごし、今日研究所バイトのために外出したら冬の到来を体感しました。寒い…。 冬生まれの自負と、汗っかきゆえの蒸し暑さ耐性の低さのために、いつも夏と冬だったら冬のほうが過ごしやすいと答える…

卒論生はビッグデータの夢を見るか

しばらく前に、大規模コホート研究のデータを使って、誕生月と健康状態の相関を調べ、それをもとにめっちゃあたる星座占いをつくったら面白いんじゃないのと思ったわけだけど、肝心のデータがそんなに簡単に入手できそうもない。 コホート研究の論文ってだい…

大学院応募完了と研究所バイト

今日は最後の大学院応募を終え、ようやく12月に突入した気分である。 月曜日なので研究所バイトに行って、ずっと手を付けていなかったタンパク質相互作用ネットワークプロジェクトの仕事を再開。 タブ区切りtxtの相互作用データを、とりあえずPythonで処理し…

学会二日目でした

今日は学会二日目にして最終日、そして僕の口頭発表とポスターセッションの日でした。 この学会は毎年僕の所属研究室の卒論生がポスター発表していて、学部生にして学会発表の機会があるということで結構他大学の知人からは羨ましがられたりしました。僕も例…

学会一日目

昨日岡山入りして、倉敷を見物してからの今日から二日間学会であります。 ちなみに岡山も倉敷も極寒でびっくりしました。風が東京の2月頃の寒さ! 倉敷って駅前は普通の街なんですね、美観地区行って大変癒やされました。 なにげに人生初めての学会参加なの…

Natureグループによる新オープンアクセスジャーナル"Scientific Data"と科学の未来

Nature Publishing Groupによる新オンライン・オープンアクセスジャーナル、"Scientific Data"は、生命科学が抱えるビッグデータ問題を解決する起爆剤となるかもしれない。

ミンミンゼミ

前日まで忘れていたけど、今日はゼミの発表だった。 プログレスでも論文紹介でもいいのだけど、全然実験がプログレスしていないのでここ数回は論文読んで紹介してる。 マテメソまでしっかり発表する人もいるけど、僕は聴いてる方もしんどいと思うので背景と…

ドライバイオロジー

月曜日は都内の某研究所でアルバイトであります。 大学1年の冬に、北野宏明著「したたかな生命」を読んで、システムバイオロジーの面白そうな気配に惹きつけられつつも、文系高校生出身の理系大学生1年目だったこともあって、その興味を特に行動に移すことは…

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