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わけわかんない進化をゴチャゴチャ言わずに直接観察する話

この記事は 今年読んだ一番好きな論文2016のエントリーとして書かれました。 こんにちは。なんと昨年の #今年読んだ一番好きな論文2015 ぶりのブログ更新になってしまいました。その間に修士号取得したり学振取って辞退したりアメリカの博士課程に留学開始し…

電気ビリビリごはんもぐもぐ

この記事は今年読んだ一番好きな論文Advent Calendar の一部として書かれました。 更新が停滞しがちな一年でしたが、論文は読んでいたのでこれなら記事かける!ウェイ!と思ってAdvent Calendar登録ページを見に行ったら初日しか空いてませんでした。トップ…

「関東の中で東京の汚染が最も危険な本当の理由!」が危険な本当の理由!

こんにちは。ブログ一周年記事書いてから半年以上放置するという体たらくなのですが、ぼちぼち再稼働したいです。 揚げ足記事が一番執筆モチベーションあがるということで、今日のネタは、今朝母*1からメールで送られてきたこちらのブログ記事です。 『関東…

ブログ開始から1年たちました

去年の10月7日、バイト中の眠気覚ましにこのブログを立ち上げてから、ちょうど365日たちました。 最初のエントリはこちら。 はじめてみた - 雨に煙る 1年間で44記事投稿し、総PVは28600回、当初思ったよりいろんな人に読んでもらえていてありがたいです*1。 …

チーム内連絡はSlackが良さげ

数年前から小さな塾を運営していて、講師間の連絡を全部メールでこなしていたら全然一覧性ないしいろいろ辛くなって来たので、年度末あたりから代わりのツールを探していました*1。 要件としては 簡単に連絡できる 検索機能がある マルチプラットフォーム対…

ゼロからはじめるGollum Wiki

全く開発環境を整備したことがないマシンで、最終的にはGollum Wikiを設立し、自動git pushすることでGitHubへのバックアップもできる、という環境を構築します。Mac OS Mavericksを想定しています。 おしながき iTerm2 導入 Sublime Text導入 Xcode導入 Hom…

【無料】アカデミック版GitHubアカウントで非公開レポジトリライフ

御多分にもれず、書いたコードを管理するためにGitHubを使っています。 簡単にいろいろ保存できるし、ウェブサイトさえもホストできるのでとても便利なのですが、無料ユーザーの場合はすべてのレポジトリが公開指定というのが注意を要するところです。 例え…

デザインフェスタVol.39戦利品

買う物リストとして Lightmillの木製作品 革財布or小銭いれ 文庫本カバー 大きめのマグカップ を設定してデザフェス会場を歩きまわった成果です。 上段左から、「本の洋服屋さん」の北欧柄ブックカバー、「羊堂」の鯛焼きTシャツ。下段左から、勝村顕飛さん…

デザインフェスタVol.39に行ってきた

半年に一度ビッグサイトで開催される大散財イベントといえば、もちろんデザインフェスタです*1。 この日のために太らせた財布を握りしめて、僕も参加してきましたよ*2。戦利品は別の記事でまとめることとして、本記事ではデザフェス自体について所感を綴ろう…

東京大学大学院に入学しました

お久しぶりです。 さて、このブログを書き始めてから数回「米国大学院受験」というカテゴリーで記事を書いてきたわけですが、結果的には希望がかなわず、東京大学の大学院に入学することになりました。 本当は「アメリカの大学院に進学しました」みたいなド…

Mendeleyに放り込んだ論文を簡単にLaTeXで\citeする

卒論提出一週間前なわけですが、今日も元気にLaTeXと戯れています。 LaTeX楽しいですね。 メイン作業環境のMacBook AirにOfficeを入れてないので以前はVAIOにテキストを転送してわざわざWordに起こしていたのですが、LaTeXに触れてからはしばらくWordには戻…

ハーレー浄水器を交換したら塩素が消滅した話

いくら美味しいと宣伝されてる東京の水道水*1といえど、けっこうマズい。 北海道から来た友人は「とても飲めたもんじゃないです」とバッサリいっていたので、やはり大雪山系の水には勝てない。あたりまえだ。 我が家では20年来ハーレーの浄水器を愛用してる…

RPy2を使ってPythonからRを呼び出してデータ解析

Pythonで書いたコードの中でRを呼び出す必要に迫られたので、備忘録を兼ねてやり方を記録しておきます。 この前から取り組んでいるPPiプロジェクトの一環で、タンパク質相互作用ネットワークを超幾何分析してスコアを記録しよう、みたいな話になった。 超幾…

生物系学部4年生が2013年に買って良かったもの

今年もいろいろ買いましたなあ。 Macbook Air 2013 ずっとVAIO使ってて、Macに若干苦手意識があったものの、今年からわりとプログラム書いたりし始めてVirtual BoxのUbuntuを立ち上げるのが面倒になってMacに書い変えました。最初はサブ機で使おうと思ってい…

「クリぼっち」のバカらしさを統計から攻めてみる

クリスマスといえば、この前Twitterに流れてきたこの画像を見て日本の統計リテラシーの低さを痛感しました。 なにを問題としているか説明するために、まずは統計の手法について復習してみましょう。 日本に暮らしている人のなかでクリスマスをひとりきりで過…

Pythonでタンパク質相互作用ネットワークを分析する

金曜日頃からやや風邪気味だったので週末は自宅でひっそり過ごし、今日研究所バイトのために外出したら冬の到来を体感しました。寒い…。 冬生まれの自負と、汗っかきゆえの蒸し暑さ耐性の低さのために、いつも夏と冬だったら冬のほうが過ごしやすいと答える…

Kiteを使ってGhostブログを作成

しばらくまえから気になっていたGhostというブログプラットフォームがある。 見た目オシャレだし、画面の左側でMarkdownで記事を書くと瞬時に右側に結果が表示されるのもMarkdownに不慣れな人間にはありがたい。WordPressの元エンジニアが作ったというのも心…

卒論生はビッグデータの夢を見るか

しばらく前に、大規模コホート研究のデータを使って、誕生月と健康状態の相関を調べ、それをもとにめっちゃあたる星座占いをつくったら面白いんじゃないのと思ったわけだけど、肝心のデータがそんなに簡単に入手できそうもない。 コホート研究の論文ってだい…

大学院応募完了と研究所バイト

今日は最後の大学院応募を終え、ようやく12月に突入した気分である。 月曜日なので研究所バイトに行って、ずっと手を付けていなかったタンパク質相互作用ネットワークプロジェクトの仕事を再開。 タブ区切りtxtの相互作用データを、とりあえずPythonで処理し…

学会二日目でした

今日は学会二日目にして最終日、そして僕の口頭発表とポスターセッションの日でした。 この学会は毎年僕の所属研究室の卒論生がポスター発表していて、学部生にして学会発表の機会があるということで結構他大学の知人からは羨ましがられたりしました。僕も例…

学会一日目

昨日岡山入りして、倉敷を見物してからの今日から二日間学会であります。 ちなみに岡山も倉敷も極寒でびっくりしました。風が東京の2月頃の寒さ! 倉敷って駅前は普通の街なんですね、美観地区行って大変癒やされました。 なにげに人生初めての学会参加なの…

ほしいものリスト

備忘録を兼ねて。 FiftyThreeのPencil Pencil | FiftyThree言わずと知れたiPadのお絵かきアプリの代表格、"Paper"の開発元がつくったスタイラスペン。 木製アイテムマニアとしては、木軸採用のスタイラスというだけで涎が出てまいります。 FiftyThree製だけ…

IELTS受けてきた

某大学院が言うことにゃ、 We will not reject a TOEFL score, but we strongly prefer IELTS. それってつまりIELTS受けろよクソ学生ってことですよね、ハハーッ ということでIELTS受けてきました。そもそもIELTSって申し込みの時点から郵送オンリーって前時…

論文購読三種の神器・2013年版

しばらく前からちょくちょく自慢しているiPad Airのお陰で、ノマドジャーナルリーディング生活*1がこれまでになく充実しまくっている。 やっぱりA4縦向きレイアウトの書類を横長のパソコン画面で読むのはつらいので、論文を日常的に読む必要があるひとは、こ…

BRAUNの腕時計なかなかよい

数カ月前に腕時計のネジをなくして以来、時刻確認はもっぱらiPhoneのロック画面で済ませてたのだけど、やっぱりいちいち取り出してボタン押して確認するのが全然スマートじゃないことに薄々感づいてきていた。そんな21歳の晩秋に、またいつものようにFeedly…

そういえば

ブログ開設から一ヶ月経ってた。予想外に順調に駄文を垂れ流し続けて来られたことにちょっとびっくり。そのうちヨーグルト食べ比べ記事とギリシャヨーグルト制作記を書きたい。ヨーグルトおいしいよ。

iPad Airをお迎えしました

Mac

しばらく前にKindleストアで教科書(Physical Biology of the Cell)を購入して母のNexus 7で読んでいたのですが、やはり7インチタブレットでは複数段組の書籍は読みにくく、10インチのフルサイズタブレットへの欲望が高まり続けていました。2年前に買ったAc…

デザインフェスタVol.38行ってきた

今日は楽しみにしていたデザフェスに行ってきました。 春と秋の年二回東京ビッグサイトで行われる大規模なデザインイベントで、僕は去年の春初めて見に行って、今年は春の分はワークショップと被っていけなかったので1年ぶりの参加でした。僕のデザフェス物…

GRE受けてきた

一ヶ月弱しか勉強してないけど、アメリカの大学院用のセンター試験・GREを受けてきた。 会場は茅場町のプロメトリックの試験場。ETSからライセンス受けてる企業自身の会場だから安心かなと思って選んで正解だった。 会場は経理の資格試験とかと同じで、スー…

iWorks代金が返金された件について

Mac

このまえMacBook Airを買って、NumbersとKeynoteをプリインストールし、届いてからやっぱりワープロも必要だということになってPagesを追加購入したわけですが、直後にiWorks無料化が発表されてやっちまった感MAXでした。iOS向けのiWorksが新規購入者限定で…

最強ノートパソコンスタンド"Roost"が届いたよ

Mac

今日も実験の準備に追われて、さきほど若干ぐったりしながら帰宅したら見慣れない白い小包が届いていて、もしやと思って見てみたら待ちに待ったRoost様で一気にテンションが上りました。 知らない方のために説明すると、このRoostはクラウドファンディングサ…

統計力学おもしろい

物理の学生二人、数学の学生ひとり、そして僕というメンバーで今学期は週一回の自主ゼミを組織して、田崎晴明先生(id:hal_tasaki)の名著「統計力学I」を読んでいっている。 ↑これ。量子力学をきちんと学んだことがない者*1でも追っていけるように丁寧に書…

Apple Wireless KeyboardとMagic Mouse届いた

Mac

昨日の朝注文したらもう届いた。Amazon早いね。 なんとも過剰包装な…。Wireless Keyboardは予想外に軽い。これならどんどん持ち出せそう。 Magic Mouseはスクロールをジェスチャーでできるのが便利、便利なんだけどやっぱりTrackpadに慣れてしまうとマウスを…

飴とTOEFL

朝からTOEFLを受けに中野の渋谷外国語専門学校に行った。教室に机が並んで、申し訳程度に衝立が隣の人の画面を遮るいわゆるハズレ会場(なのかな?)。教室に響き渡る"I live in Tokyo"連呼を聞いて、ああしまった耳栓を持ってくるんだった、と後悔するも後…

オンライン学習サイトDashでHTML/CSS/Javascriptを勉強する

自他ともに認めるプログラミング初心者なわけですが、自分でホームページを作ってみたいわけです。それも、白地に黒明朝体の文字が数行表示されてる無愛想な「いかにも初心者です」みたいなやつではなく、CSSを多用したシャレオツなやつが作りたい。 そんな…

MacBook Air環境設定

たいしてコーディングもできないのだけど、いちおうiTerm2のVimのColor Schemeをみんな大好きSolarizedに設定した。 大変参考になったブログ。深謝。GitHubの使い方の復習にもなったし*1、いいリハビリでした。 *1:このレベルのド素人

肩こり

Mac

気のせいかもしれないけど、VAIOを使っていた頃に比べてMacBook Airで作業していると肩こる気がする。KickstarterでバックしたパソコンスタンドのRoostがそろそろ届くらしいので、ちょうどいいタイミング。Apple Wireless KeyboardとMagic Mouseも購入したい…

Macbook Air 13inch (Mid-2013)届きました!

Mac

ついに届きましたよ。ざっくりスペック: Macbook Air 13inch (Mid-2013) CPU: Haswell Corei7 RAM:8GB SSD:128GB ここまでの流れ 先週の木曜日(10月10日):夕方注文。1-3営業日で出荷らしい。 金曜日から日曜日:音沙汰なし。営業日じゃないから仕方ない…

Natureグループによる新オープンアクセスジャーナル"Scientific Data"と科学の未来

Nature Publishing Groupによる新オンライン・オープンアクセスジャーナル、"Scientific Data"は、生命科学が抱えるビッグデータ問題を解決する起爆剤となるかもしれない。

LAMY SWIFTを改造してゲルインク仕様にしたよ

ここ一年くらいは手書きの文章は全部三菱のSIGNO 0.5mmで書いてる。あの書き味で150円とは破格の安さだと思う。 ただひとつだけ、ボールペン自体の見た目がフツウすぎるのだけが玉に瑕ポイントで、まあ価格相応のビジュアルなのだ。 こんな感じ。 それをなん…

はてなブログにFC2アクセス解析を設置したよ

はてなブログのクリーンなデザインは非常に気に入ってるんだけど、無料版のアクセス解析が貧弱貧弱ゥ!すぎると思う。 日時別のアクセス数しか見れず、解析もTwitter経由かはてな経由かしかわからないとは…。 Google Analyticsも導入してみましたが、UIがゴ…

「あの花」劇場版観てきた

そういえば「あの花」の劇場版が公開されていたなあ…ということで、信頼と実績の新宿バルト9へ観に行ってきた。 テレビアニメ版はリアルタイムで追っかけてイライラして最終話でじんわりカタルシスをもらって「あれ、いいアニメじゃん…」という印象だった*1…

ハンドプレッソでカフェラテがぶがぶする

ここ最近、コーヒーを自分で作るときはこのハンドプレッソさんに大変お世話になっている。 指導教授が持っていたものを使わせてもらったら、あまりに手軽においしいエスプレッソを飲めることに感動して自分用を購入した。 ドリップコーヒーの、豆をゴリゴリ…

Macbook Air 13in (Mid-2013)をポチってしまった

Mac

しばらくまえからMacでできてWindowsにできない諸々にうらやましさが募ってきて、今日ついに臨界点を突破して購入ボタンを押してしまった。 13inモデルを8GB RAM/Core i7にアップグレードして、NumbersとKeynoteを入れた。 メインで使っているVAIO Z(2012)の…

人の世の浅ましきかな

昨日塾に行く途中で覆面パトカーがサイレン鳴らしながら走っていくのを見て、珍しいなあとか思いながら仕事していると、急にTLが三鷹台の女子高生刺殺事件で大騒ぎになった。 自宅の近くだったこともあってかなり心配しながら経過を見つつ、ヘリコプターが大…

ミンミンゼミ

前日まで忘れていたけど、今日はゼミの発表だった。 プログレスでも論文紹介でもいいのだけど、全然実験がプログレスしていないのでここ数回は論文読んで紹介してる。 マテメソまでしっかり発表する人もいるけど、僕は聴いてる方もしんどいと思うので背景と…

ドライバイオロジー

月曜日は都内の某研究所でアルバイトであります。 大学1年の冬に、北野宏明著「したたかな生命」を読んで、システムバイオロジーの面白そうな気配に惹きつけられつつも、文系高校生出身の理系大学生1年目だったこともあって、その興味を特に行動に移すことは…

はじめてみた

なにをトチ狂ったか、バイト先からはてなID取得してはてなブログ開設してっていう自分でもはてななコンボをキメた。 ブログでもHPでもそうだけど、いつも開設したいなーと思いつつもブログタイトルでものすごく悩む。今回は「そういえばしばらく前に文学的な…

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